Мисија се у статусу „привремено самосталне“ налазила до 27. децембра 1945. године, кад је Свети синод Руске Православне Цркве донео следећу одлуку: „...сматрати поново присаједињенима с Руском Православном Црквом од 26.10.1945. године, архипастире: митрополита харбинског Мелетија, археипископа Димитрија (Вознесенског), архиепископа Нестора (Анисимова), архиепископа Виктора (Свјатина), епископа цицикарског Јувеналија и начелника Корејске мисије архимандрита Поликарпа (Пријмака), клир и мирјане Харбинске епархије.“ На подручју Кине и Кореје основан је јединствени митрополитски округ при чему је митрополиту додељена титула харбински и источноазијски. За привременог управника створеног митрополитског округа именован је архиепископ Нестор: „Драго ми је за нашу Мисију, што је Патријаршија сматрала за потребно да је повери непосредној јурисдикцији Вашег високопреосвештенства... Ја који сам раније снажно осећао усамљеност и изолованост у раду на заштити од посезања на имовину Мисије поново сам стекао снагу и наду да ћу видети спасење ватрице православља која овде једва да тиња и само што се не угаси.“[1] Декретом патријарха од 11. јуна 1946. године бр. 664 митрополитски округ је преобразован у Источноазијски егзархат. За патријарашког егзарха именован је архиепископ Нестор с унапређењем у звање митрополита Харбинског и Манџуријског. Притом је планирано да Корејска духовна мисија користи „за развој свог рада одговарајући износ Пекиншке духовне мисије у складу са одобреним бројем запослених и предрачуном који одобри источноазијски егзарх“[2]. Тако је одлуком Светог синода од 21.12.1945. године бр. 31 и патријарашким декретом од 11.06.1946. године Руска духовна мисија у Кореји потчињена митрополиту харбинском и манџуријском и улазила је у Источноазијски егзархат. Међутим, без обзира на одлуку Синода и патријарха Мисија у Сеулу је била изложена покушајима запоседања од стране неканонске црквене власти.
Без обзира на то што је Корејска мисија прешла у надлежност Источноазијског егзархата на њу су утицала дешавања у Јапану. Јапан се после пораза у рату нашао под влашћу Савезне окупационе администрације на челу са америчким генералом Дагласом Мекартуром и послови верских организација Јапана спадали су у надлежност Американаца. Америчке окупационе власти су спречавале обнову пословних контаката Руске Православне Цркве и Јапанске Цркве. Нису дозволили да у Јапан уђу епископи Борис (Вик) и Сергије (Ларн) које је упутио патријарх Алексије I. У овим условима је 5-6 априла 1946. године одржан Јапански црквени сабор који је донео одлуку о разрешењу епископа Николаја од управе. Под утицајем америчких власти је донета одлука да се Јапанска Црква потчини митрополиту Теофилу (Пашковском), поглавару Америчке митрополије, која је тада била у расколу с Руском Православном Црквом[3]. Ипак, без обзира на то, неколико парохија је остало верно законитој канонској власти и на њиховом челу су се налазили владика Николај (Оно) и протојереј Антоније Такаи.
Раскол који се десио у Јапанској Цркви снажно се дотакао и Мисије у Кореји. Без обзира на ослобођење Кореје од јапанског јарма у Другом светском рату, није се могло говорити о независној Кореји. Услед конфронтације Совјетског Савеза и САД Кореја је подељена по 38. паралели, на северу и на југу је почео процес формирања две корејске државе које су биле усмерене једна на СССР, а друга на САД. После искрцавања војске на југ Корејског полуострва 9. септембра 1945. године уведена је америчка војна управа. Командант Оружаних снага САД на Далеком истоку генерал Д. Мекартур је издао наређење о томе да административна власт у Јужној Кореји припада њему. Притом је војна управа укинула департмане који су руководили различитим привредним гранама, као и одбраном, војном полицијом и безбедношћу. Појачана је америчка контрола над органима јавног тужилаштва и правосуђа. Може се претпоставити да се политика према верским организацијама коју је спроводила иста америчка администрација у Кореји и Јапану није разликовала. Као и у случају с Јапанском Црквом, у интересу америчке власти је било да раскине везе између Сеулске мисије и Руске Православне Цркве. Стварање Републике Кореје и КНДР које је уследило 1948. године довело је до раскола земље и управо од тада је између севера и југа почела још већа конфронтација која је прерасла у грађански рат 1950-1953. године. Све ове политичке околности су у коначном морале одиграти одлучујућу улогу у томе да Мисију запоседну расколници.
Почетком 1947. године из Америчке митрополије је послат епископ Венијамин (Басалига) који је дошао на чело Јапанске Цркве. Неколико месеци након његовог доласка у Јапан управо он је добио писма од корејских и руских парохијана из Кореје с оптужбама против оца Поликарпа за различите прекршаје и молбе да се он замени другим свештенослужитељем. У архивима Америчке митрополије сачувала су се ова два писма која су упутиле групе руских и корејских парохијана која су сачињена на сличан начин и датирана јуном 1947. године. Оба писма почињу од навођења да је имовина Мисије укњижена на Јапанску Цркву, а затим се набрајају различите оптужбе против архимандрита Поликарпа. Писма се завршавају истом молбом: да се отац Поликарп замени другим свештеником. Ако се писма прочитају пажљиво, нема сумње да су њихови аутори једноставно покушавали да доведу у заблуду епископа Венијамина који је управо допутовао у Јапан и није могао бити добро упознат с чињеничним стањем Руске мисије у Сеулу. Пре свега, само по себи обраћање епископу Венијамину представљало је очигледно кршење црквених правила, јер се Сеулска мисија од 1945. године налазила у канонској јурисдикцији харбинског митрополита. Осим тога, Америчка митрополија је била у расколу с Руском Православном Црквом. Аутори писма су морали да знају да је Мисија од 1945. године била подређена харбинском митрополиту. Међутим, то се у писмима прећуткује, а истовремено се у писму у име корејских парохијана тврди следеће: „Епископ Сергије је 1924. године Гркоправославну мисију у Сеулу званично предао Јапанском хришћанком друштву, услед чега је сва именовања и одлуке доносио епископ Сергије који је дејствовао као поглавар Јапанске Православне Цркве и председник Јапанског црквеног друштва.“[4] Ова чињеница је у писму нетачно изложена: архиепископ Сергије је преузео управљање Мисијом у Кореји у складу са декретом Светог синода и патријарха Тихона још 1921. године, а не нипошто зато што је имовина Сеулске мисије била укњижена на Имовинско друштво Јапанске Православне Цркве 1924. године. Друго писмо које су потписали неки руски емигранти такође садржи изврнуте информације: „...у јулу 1924. године старешина наше цркве отац Теодосије је сву имовину наше цркве предао Никољском храму у Токију због неизбежних околности... Од тада је наша црква почела да одржава толко блиске везе с токијским храмом да се сад имовина (Сеулске мисије) сматра јапанском својином.“ Међутим, имовина Сеулске мисије није предата токијском храму, као што пишу аутори петиције, већ је била регистрована на име Имовинског друштва Јапанске Православне Цркве. О овоме је још 1924. године, одмах после укњижавања имовине Сеулске мисије архиепископ Сергије писао оцу Теодосију (Перевалову): „...ради се о томе да су Јапанска Православна Црква и Идзи-Зајдан (Имовинско друштво Јапанске Православне Цркве) две различите ствари! Лисице имају рупе, птице имају гнезда, а Идзи-Зајдан живи у ваздуху. Јер, то је друштво акционара, дакле, један његов део је у Сеулу... Ми без сагласности акционара, односно Вас, не можемо правно ни да продамо вашу земљу и куће, ни да их изнајммо, ни да заложимо, ни да разменимо... чак не можемо да преузмемо иницијативу у вези са свим овим питањима... А Ви (или ваш наследник) – напротив... можете да продате земљу, и куће, да их издајете, залажете и мењате...“[5]
Дакле, аутори писама су свесно дезинформисали епископа Венијамина, давши му моћ да решава питања која се тичу Сеулске мисије. Мотивацију оваквог поступка својих парохијана објашњава сам архимандрит Поликарп у писму упућеном архиепископу Нестору 21. јуна 1946. године: „У Кореји се у нашој Мисији налазе људи који нису благонаклони према руским избеглицама и који због неких разлога (пре свега, чини ми се, зато што желе да се задрже у становима Мисије који су им погодни, они говоре Американцима да је наша Мисија тобоже била јапанска имовина (ово образлажу тим што је извесна непокретна имовина укњижена на име Имовинског друштва Јапанске Православне Цркве) и зато наводно имовина треба да пређе у посед Американаца. И морамо много времена и снаге да употребимо да бисмо се ‘одблатили’. Опростите, тако сам у шали назвао свој рад за време Јапанаца који су посебно за време рата 1941-1945. године с разних страна кидисали на имовину Мисије. Нажалост, уместо одмора и редовне бриге за саму Мисију, морам да наставим да се ‘одблаћујем’.“[6] Могуће је да је повод за жалбе руских парохијана на архимандрита Поликарпа било то што је одлучио да доведе у ред рад Мисије путем ширења просторија за ризницу, библиотеку и црквене састанке. Пошто је за то требало отказати закуп просторија Мисије неким људима који су живели у Мисији и чак су незаконито издавали део просторија у подзакуп како би остварили приход, између закупаца станова и оца Поликарпа су могли настати непријатни односи. Они су се продубили због разлике у политичким погледима. Док су Руси у Кореји били углавном представници беле емиграције архимандрит Поликарп је одржавао односе с Генералним конзулатом СССР-а у Кореји. Иницијатора расколничких дејстава од стране корејских парохијана ђакона Алексија (Ким Иј Хан) је покретала жеља да сам постане начелник Мисије, као што су то показали даљи догађаји.
Ђакон Алексије Ким Иј Хан је у октобру 1948. године отпутовао у Токио где га је епископ Венијамин (Баслига) рукоположио за свештеника. Осим тога, свештеника којег је рукоположио је незаконито именовао на дужност начелника Корејске мисије. Противници оца Поликарпа су 12. децембра 1948. године после Свете литургије у храму Мисије захтевали да он на основу декрета епископа Венијамина преда све послове преда Ким Иј Хану. На територији Мисије је избила туча коју је зауставила полиција, а отац Поликарп је исте вечери ухапшен. У присуству Ким Иј Хана и његових присталица полицијски чиновник је 18. децембра захтевао да отац Поликарп пристане на налог епископа Венијамина. Након негативног одговора оца Поликарпа и без његове сагласности и потписа сачињен је протокол по којем су расколници добили право на Мисију. Архимандрит Поликарп је био у затвору до 29. децембра 1948. године кад је захваљујући одбрани адвоката којег је ангажовала руска парохијанка био ослобођен. Изашавши из затвора отац Поликарп „није ишао у цркву и живео је искључиво од милостиње“[7]. Отац Поликарп је предузео мере како би на законским основама вратио Мисију преко суда, али је 18. јуна 1949. године поново ухапшен. Отац Поликарп је оптужен за шпијунажу у корист СССР-а само на основу тога што је у јануару 1949. године примио совјетско држављанство. Покушавајући да издејствују признање за шпијунажу полиција је прибегла мучењу свештеника. Оцу Поликарпу је 22. јуна уручен документ у складу с којим је протеран. Дана 29. јуна у пратњи полиције он је заједно с мајком доведен до 38. паралеле и речено им је да оду. Неколико сати касније дошли су до места на граници Северне Кореје, а 3. јула су стигли у Пјонгјанг. Тако је последњи начелник Руске духовне мисије протеран из Кореје, а Мисија је прешла у руке расколника.
Отац Поликарп је 1949. године из Пјонгјанга прешао у Харбин где је добио службу у једном од храмова Источноазијског егзархата[8]. Доносећи закључак о раду последњег начелника Руске духовне мисије у Кореји важно је да пре свега истакнемо да је његово служење пало у време које је било тешко и за Кореју и за Русију. Крајем 1930-их година кад је отац Поликарп именован на дужност у Кореји јапанске колонијалне власти су ограничавале рад Мисије. Мисија тих година није добијала никакву помоћ. Међутим, без обзира на све тешкоће Мисија је радила: редовно су се обављала богослужења чак су предузимана мисионарска путовања. Убрзо после завршетка Другог светског рата на Корејском полуострву су практично створене две државе. Чињеница да се Сеулска мисија нашла на територији Републике Кореје која је била у конфронтацији с НРДК, дакле и са СССР-ом чије држављанство је архимандрит Полкарп примио, одиграла је одлучујућу улогу у томе што су расколници запосели Мисију и што је начелник Мисије био прогнан из земље. Без обзира на тешку ситуацију у којој се налазила Црква у СССР-у и покушаје Карловачког синода да себи подреди Мисију, отац Поликарп је увек био послушан црквеној власти и то га карактерише као човека који је био одан Цркви и домовини. Он је био испосник, никад није јео рибу, што сведочи о његовој личној побожности. Отац Поликарп је са своје стране предузео све што је од њега зависило да сачува Мисију и он има велику заслугу у томе што је она радила све до 1948. године, премда је могла бити затворена и много раније.
[1] Письмо от 21.06.1946 г. // ГАРФ. Ф. 6991. Оп. 1. Д. 75. Л. 174-176.
[2] Доклад епископа Елевферия (Воронцова) и священника Григория Разумовского пребывании в Маньчжурии // Вестник ПСТГУ. Серия II: История Русской Православной Церкви. 2007. Вып. 2 (23). С. 146.
[3] Америчка митрополија која је водила корен од мисије Руске Цркве у Америци и која је основана крајем XVIII века је 1924. године прогласила привремену аутономију и практично је отишла у раскол. Заменик чувара патријаршког престола митрополит Сергије и Привремени Свети синод су клиру Америчке митрополије забранили да служи. Вишекратни преговори о поновном уједињењу нису довели до позитивних резултата. Московска патријаршија је у децембру 1947. године потврдила забране које су раније изречене митрополиту Теофилу и епископима и клирицима који су се налазили у општењу с њим. Раскол је излечен 1970. године кад је Руска Црква Православној гркокатоличанској Цркви у Америци дала аутокефалност и назив Православна Црква у Америци.
[4] Оригинали писама се чувају у архиви Аутокефалне Америчке Православне Цркве.
[5] Феодосий (Перевалов), архим. Наведено дело, стр. 148.
[6] ГАРФ. Ф. 6991. Оп. 1. Д. 75. Л. 175.
[7] Заявление главы Русской Православной Миссии в Сеуле архимандрита Поликарпа // Журнал Московской Патриархии. 1949. № 8. С. 11.
[8] Архимандрит Поликарп је затим од 1951. до 1955. године служио на Светој земљи као начелник Руске духовне мисије у Јерусалиму. Године 1957. рукоположен је за епископа кировског и слободског. Епископ Поликарп је управљао разним епархијама Руске Православне Цркве до одласка у пензију 1969. године. Владика се упокојио 23. јула 1989. године недалеко од Симферопоља где је у пензији провео последње године живота.